次日，「五省聯軍皖軍總司令、安徽軍務善後督辦」陳調員，加入國民革命軍的消息傳遍了全國，安徽境內全省震動。
皖軍內部將領王普，劉鳳圖等師旅長見他們的最高長官已經投誠，紛紛效仿，各自派人秘密聯絡北伐軍自謀出路，蚌埠、合肥等地駐軍軍心浮動，逃兵數量激增數倍，基層軍官公開議論「北洋政府氣數將盡。」
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12月17日，安徽境內皖系部隊得知「主將」已經投誠的消息之後，主動後撤數十里，放棄了所有的據點，北伐第7軍不費吹灰之力，便控制了安徽大部分區域。
12月18日，北伐中路軍前鋒推進至浙江衢州，與浙軍第3師師長周鳳起部接觸，
早在，10月中旬，浙江省長夏超趁江西戰事焦灼之時，便宣布浙江獨立，自己就任國民革命軍第18軍軍長，出兵進攻上海，雖然被孫傳芳調來的孟昭月嫡系第二師鎮壓，
但是卻動搖了浙軍的軍心，周鳳起本就為浙軍本土將領，早就不願為孫傳方賣命，就是在國民黨代表郭燦等人的策動下，北伐軍剛到衢州城下，其便宣布起義。
原浙軍第三師改編為國民革命軍第26軍，周鳳起任軍長，郭燦任黨代表。
18日下午，周鳳起，起義的消息傳到了孫傳方的耳中，他當即勃然大怒，任命孟昭岳為浙江總司令，率領聯軍嫡系第2師、第10師總計約3萬人，南下衢州平叛。
時間至1926年12月下旬，北伐軍自江西出兵僅僅月余，便拿下了福建全省、安徽大部以及浙江西部，控制區域也從珠江流域推進至長江下游地區，部隊邊打邊擴軍，兵力越來越多，從最開始的10萬人擴充至30萬人。
孫傳方的五個省僅僅只剩江蘇全省、浙江北部與上海一隅，全軍覆沒已成定局。
12月23日，孟照月率領3萬人與周鳳起的起義部隊，在富陽、桐廬一帶激戰，第26軍出戰受挫，被迫退回衢州固守。
就在26軍固守衢州之時，東陸軍第一軍主力從福建北上，進入浙南溫州一帶，與中路軍形成了南北夾擊杭州的態勢，孟昭月頓時腹背受敵，被迫退守至杭州外圍防線。
12月27日，北伐軍南北兩路前鋒均已抵達杭州外圍，收復浙江全省的戰略目標，即將實現，就在此時，北伐軍內部卻出現了一條爭論。
武漢方面的唐升智，鄧引達主張先行北上，與馮玉翔的國民師會師河南，直搗北平，完成大一統。
以總司令嫡係為首的將領，何應親等人則主張應該先徹底消滅孫傳方，占領經濟富庶的江浙滬地區，獲得江南財政支持與工業支撐之後，再直搗北平。
與此同時，北伐軍內部不光是戰略方案出現了問題，就連遷都的問題，也出現了不同的聲音。
國黨中央黨部與國民政府決定遷都武漢，畢竟武漢三鎮作為九省通衢之地，又位於整個中國中部，本就是吳配孚選擇的大本營，自然有其中的道理。
但是此時武漢三鎮處於第八軍唐升智的占領之下，守城部隊大都不是總司令的嫡系，總司令非常害怕，於是，他向中央黨部提出意見，要求把廣州國民政府遷都至其嫡系部隊控制的南昌，便於總司令掌控中樞。
軍事上有意見分歧，政治上也有矛盾，但是此時總司令麾下兵力已超過30萬，話語權賊重，於是他決定在南昌總司令部內主持召開最高軍事會議。
12月29日，李雲龍本欲率領第18軍繼續向前逼近杭州，奈何總司令一封急電，急召他回南昌參加軍事會議，他不得不命令部隊停下腳步，就地休整，自己親率親衛隊返回南昌。
12月31日夜，除了第八軍軍長唐升智，其餘各軍主將，以及國幼人員，全部返回了南昌。
1927年1月1日，南昌最高軍事會議在總司令部內召開，參會人員包括第一軍軍長何應親、第二軍軍長譚延凱，第三軍軍長朱培得，第六軍軍長程前，第七軍軍長李宗人，第十八軍軍長李雲龍，以及司令部參謀長白崇喜，國幼代表張靜姜等人。
南昌會議整整討論了七日，最終達成了三項核心決議。
在軍事戰略方面，總司令否定了唐升智、鄧引達等人「先行北上」的方案，確定「何應欽等人先定東南，再圖中原」的戰略總方針。
同時，把北伐軍全軍編為東、中、西三路，東路由何應親任總指揮，白崇喜任前敵總指揮，下轄第1軍、第17軍、第19軍和第26軍，共計6萬餘人，從福建，浙江南部出兵，率先攻打杭州、上海，在會同中路軍進攻南京。
中路軍由總司令親自節制，分為江左、江右兩軍，江右以程前為總指揮，率領第2，第6，第40軍沿長江南岸推進。
江左則以李宗仁為總指揮，率領第7軍，第10軍，第18軍沿長江北岸推進，最後與江右、東路軍會合，攻取南京。
西路軍則以唐升智為總指揮，下轄第8、第35、第36軍等，共約10萬人，坐鎮兩湖地區，警戒河南方向的奉軍與直魯聯軍，防止其南下。
在政治部署上，南昌會議決定，要求國民黨中央黨部與國民政府「暫住南昌。」，同時秘密命令部隊，截留途經南昌的國黨中央委員，將中央權力置於總司令的軍權控制之下，希望憑此與武漢左派政權形成分庭抗禮之勢。
在財政上，總司令提前設立好江浙財政委員會，自己親任財政委員會會長，何應親、李雲龍等黃埔嫡系將領任副會長，希望接管東南財稅之後，能夠為後續作戰提供持續的經費保障。
1927年1月7日,南昌會議正式結束,會議之後,各軍主將立即前往自己部隊的駐紮之地，按照部署向指定的地區集合，一場決定東南命運的總攻即將打響！
李雲龍回到第18軍駐軍之地後，立刻著手安排相關事宜，1月10日，武漢方向在得知南昌會議的「暫都南昌」決議之後，立即聯名通電斥責總司令。