「來，閉上眼睛，聽我描述，想像一下場景。」宋河說。
三個學生乖乖閉眼。
「你站在線粒體邊緣的蛋白質膜孔里，就像站在穿山隧道入口，走進去，進入線粒體內部。」宋河認真描述。
「滿地都是蛋白質機器，無數小球從機器里射出，就像網球場的自動發球機在向外快速噴射網球，你面前密密麻麻全是發球機，空中數不清的高速網球。」
「噴出來的網球是什麼？質子！帶正電荷！」
「你繞過這些網球機，一直往深處走，來到線粒體基質，這裡更亂！牆壁來回涌流，牆上鑲嵌各種蛋白質機器，轟隆作響來迴旋轉，每個機器的運轉方式都不一樣，震動、噪音、熱量，搞得你頭暈腦脹！」宋河激情澎湃地描述。
「老師您別形容的這麼逼真，我們剛通宵，您這麼一說真有點頭暈！」盧庚求饒。
「好，你現在站的這個亂鬨鬨的位置，線粒體呼吸作用的場所，它的運轉機制是是什麼？」宋河繼續講。
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「你吃掉的食物被消化吸收，食物分子來到這裡，被拆下電子，電子傳遞給呼吸蛋白，名字叫複合體Ⅰ。」宋河說。
「現在睜眼！往窗外看，看到了什麼？」
三個學生扭頭，窗外校園遼闊，東西挺多，一時間有些不敢回答。
「樓啊！」宋河著急，「對面那麼大一棟樓看不見嗎？」
三個學生連連點頭，「樓！」
「如果你們現在是ATP大小，那麼複合體Ⅰ的規模就是這棟樓！」宋河講述。
「這棟樓不是靜態的，它是一台複雜精密的機器，高速運轉變化，樓層像魔方一樣動，不斷把電子吸進來再吐出去，吐給下一個巨大的呼吸蛋白……很多棟高樓大廈般的呼吸蛋白形成呼吸鏈，電子就在這幾棟樓里跳動！」
「具體怎麼跳動？這進入量子物理領域了，某種量子隧穿效應，距離單位是埃，1埃是一個原子的尺寸，這些呼吸蛋白的間距只要在14埃以下，電子就會逐個跳過去，就像蛤蟆從一朵荷葉跳到另一朵荷葉上。」
盧庚火速從兜里掏出一個小本子，摁開原子筆做筆記，顯然有點靈感了。
「但只要夠近就可以跳嗎？」盧庚問，「會不會跳錯方向？」
「氧氣嘛！」宋河說，「呼吸作用的氧氣是幹嘛用的？用氧氣來吸引電子往特定方向去跳，化學性質決定了氧氣的吸引力！」
三個學生恍然大悟，盧庚又快速寫了兩筆。
「剛剛講的這一連串規模巨大的複雜機關，所有轟隆運轉的呼吸蛋白大樓，只有一個目的！」宋河豎起一根手指，「運輸質子！」
「電子流是質子運輸的能量動力源，從食物分子裡拆下的每對電子，會讓10個質子被送到線粒體內膜對面，形成質子梯度！」
宋河再次抬手指向窗外，「樓一樣高的呼吸蛋白，在每個線粒體裡都有幾萬個，所以對咱們小ATP來說，一個線粒體就相當於一座大城市！」
「每個細胞里有成百上千個線粒體，人體40萬億細胞有10的15次方個線粒體，這茫茫多的線粒體每秒運輸10的21次方個質子，質子總數和宇宙中的恆星差不多。」
三個學生再度傻眼，老師試圖讓他們對細胞內的能量變化有個印象，但此刻描述的概念過於宏大，已經超出了想像力極限！
只能勉強想像成，每秒鐘都有一場宇宙大爆炸在人體內產生，無數閃亮的恆星散布全身……但宇宙大爆炸也是無法想像的巨大概念。
「質子運送完之後，在膜兩側形成質子濃度差，而它本身又帶正電荷，因此膜兩側形成了電位差。」宋河繼續講。
「電位差是多少呢？150到200毫伏。」
「聽起來很小對吧？但別忘了咱們是在微觀尺度，膜的厚度只有6納米，因此形成的電場強度是每米三千萬伏特，猛烈堪比閃電！」
「如此巨大的質子動力用來幹什麼？用處很多，細菌會用質子動力來驅動鞭毛，咱們現在聊線粒體，那麼就是驅動納米級的蛋白質機器，ATP合酶！你們刷論文的時候見過ATP合酶的圖嗎？」宋河問。
「見過，像一個旋轉馬達。」盧庚接話，「非常精緻複雜，轉速比車輪胎還快。」
「那個東西精緻到不像自然進化出來的，像上帝設計的。」安東尼奧插話，「我相信是上帝做出來的。」
「我相信是自然進化出來的。」宋河說，「我見過一個數學模型，計算蠕蟲身上原始的感光眼點多久能進化成眼球，假設蠕蟲能活一年，每代形態的改變不超過1%，最後只需要五十萬年就能進化出眼睛！生命進化了多久？五十萬年不過彈指一揮間，生命是以億年為單位進化的，出現複雜的結構毫不奇怪。」
安東尼奧聳聳肩，「你是數學家，你對概率有判斷，我看不透概率，只能驚嘆上帝造物的神奇。誰知道地球上的生命有沒有被設計過呢？」
「言歸正傳。」宋河說，「剛剛你們聽了ATP合成的能量來源，印象最深刻的是什麼？」
「樓。」盧庚說，「從宏觀視角看，都是很小的東西，但我們縮到ATP大小之後，那些蛋白會變得像樓一樣巨大，而且結構複雜。」
「很好！」宋河點頭，「剛剛你們用了工廠的比喻，其實工廠太小了，細胞內能量流動帶動這些巨型蛋白機械，就像城市運轉一樣複雜，即便只看每一個單獨的蛋白，結構也像汽車發動機一樣精緻。」
「下面要進入一個重要的概念了。」宋河說，「路徑依賴！」
三個學生若有所思，似乎已經想到了什麼。
「盧庚，你說。」宋河抬抬下巴，「你想到了什麼？」
「細胞內的蛋白質機器極度複雜，這種特別複雜的機制很難修改，因為稍微改錯一點，整個機器就會土崩瓦解，只能在原有基礎上微調，也就是路徑依賴。」盧庚說。
「沒錯！」宋河微笑，「繼續！」
「如果我們人工設計生命，可以打破這種路徑依賴，重新設計蛋白質機器？」盧庚瞪大眼睛，「院長您是想告訴我們這個嗎？」
「悟性不錯！」宋河欣賞誇讚，「自然界已存在的細胞，就像燃油車，經過漫長的修改，燃油發動機越來越趨近於性能上限。」
「但如果重新做車子，可以走截然不同的道路，譬如做一台電車，一台平價電車的加速破百時間，可以直追百萬豪車！」
虞半夢開口，「而且電車的自動駕駛效果更好，燃油車的自動駕駛效果差，不止是性能上限突破了，功能限制也可以突破！」
「說到點子上了！」宋河讚許，「談到功能限制，咱們要進入一個重要話題，原核生物和真核生物的基因規模！」