第196章 漫畫系列
在領袖的挑戰中，宇宙大帝的意識在領袖之證中已被封印，但曾經被他蠱惑的十三天元之一的震天尊在第一季末尾出場，並在地球上用權杖同時召喚了宇宙大帝的火種力量和火種源，企圖讓地球與塞伯坦同歸於盡。
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最終震天尊的計劃以失敗告終，震天尊也被大黃蜂、鐵腕和橫炮聯合消滅。威震天用宇宙大帝的力量一黑暗超能量體為原材料打造的暗黑星辰劍也曾在本作中登場。第三季中，紅蜘蛛從鉗爪手中奪得此劍，對抗擎天柱等汽車人，在紅蜘蛛被打敗後被封存。
在神話時代的最早期，宇宙大帝和元始天尊在一場大戰後兩敗俱傷，宇宙大帝為了恢復力量在宇宙中不斷掀起動亂，而元始天尊則將自己的力量留給十三天元來阻止宇宙大帝。
元始天尊徹底沉睡之後，極度虛弱的宇宙大帝在被震天尊等人藉助三神器擊敗後被十三天元聯手封印。
塞伯坦內戰中曾改造了威震天為驚破天。戰爭結束之後設法重塑了震天尊來奪取領導模塊（宇宙大帝提及過「你難道忘了，重塑你的是你根本無法想像的強大力量」），企圖讓受重創的元始天尊和其他天元形神俱滅，藉助霸王之手通過混亂模塊附身於熱破，將其改造成毀天士，命令他為自己奪取領導模塊等三神器，殺死了淤泥和凱旋女神，試圖奪走鎮魂槍，但被威震天等人聯手阻止。
當震天尊集齊三神器後，宇宙大帝的意識完全占據熱破的身體，並藉助熱破的身體復活，以毀天士之身全力出手與震天尊對決，雖然不敵震天尊而被擊敗，卻也給震天尊造成了重創（一開始可以單手接下巨無霸福特全力一劍並一擊放倒他的震天尊和宇宙大帝打過之後打沖雲霄都費了半天勁，鋼索和風刃受了震天尊一擊不死之後也提及經過苦戰震天尊
的能量大大減弱了）。
重傷的毀天士試圖借震天尊被圍攻之際摧毀領導模塊，卻被領導模塊選擇的新領袖聖天柱擊敗，最終混亂模塊被聖天柱從熱破體內取出。
賽天驕與震天尊同歸於盡後宇宙大帝的意識操控混亂模塊試圖附身於曾被自己改造成驚破天的威震天，但卻被威震天掙脫控制，最終威震天自我犧牲，混亂模塊和威震天被聖天柱藉助鎮魂槍摧毀，宇宙大帝被重新封印。
元祖漫畫設定在這個大宇宙形成之前，還有一個大宇宙。當這個舊的大宇宙被宇宙大帝毀滅之後，只剩下一片完全的空虛，宇宙大帝則進入了沉睡。
上個宇宙殘留的碎片彼此間發生反應，形成了現代的宇宙。為了不讓這個宇宙被宇宙大帝摧毀，大宇宙的意識創造了元始天尊來保護這個宇宙。宇宙大帝也因新宇宙的形成而甦醒，開始破壞這個宇宙，直到兩人正式碰面開戰。因此從遠古時期開始宇宙大帝與元始天尊便是宿敵。
兩人一開始是在隔離於宇宙的「靈之次元」（AstralPlane）中戰鬥，後來戰鬥轉移到了物質世界，在一次戰鬥中，元始天尊預感到自己無法通過正面戰鬥直接擊敗宇宙大帝，便誘導其在追殺自己的時候與自己分別封印在兩顆星球之中，最後元始天尊封印了宇宙大帝，自己也被封印在一顆小行星中。
隨著時間的推進，被元始天尊所附身的星球成為了塞伯坦，並出現了由元始天尊所創造的變形金剛，而宇宙大帝也漸漸可以操縱著星球變化而成自己的身體。
元始天尊為了抵禦宇宙大帝，用自己生命的精華創造了能夠對抗宇宙大帝的領導模
塊，並通過陷入沉睡隱藏自己的生命信號，從而躲避宇宙大帝。
在一次戰鬥中，元始天尊被霸天虎所驚醒，他發出的咆哮被宇宙大帝察覺，於是宇宙大帝就此開始向塞伯坦進發。
很快，悲壯而慘烈的戰鬥再度上演，宇宙大帝的身影籠罩著塞伯坦，連擎天柱面對此景也感受到了深深的絕望，但他還是強打著精神與當時的霸天虎領袖薩克巨人一起盡全力指揮所有變形金剛們對抗宇宙大帝。
由於實力相差太過懸殊，變形金剛們損失慘重，小諸葛黎恩、老頑固費特、電子鬥士海隆、長鬚鯨、彈爆、猿面————這些變形金剛們一個又一個陣亡，很快，被元始天尊附身的薩隆大公也被殺死，擎天柱也身受重傷，他請求薩克巨人繼續戰鬥，薩克巨人原本已對眼前宛如地獄一般的景象感到絕望與恐懼，但眼看著身邊的其他人不斷犧牲，薩克巨人再次重燃鬥志，身先士卒和宇宙大帝作戰，但這也讓他在轉瞬間付出了自己的生命。
就在此時，雷翼拿著被自己奪取的領導模塊趕到塞伯坦，希望能用領導模塊的力量消滅宇宙大帝，但領導模塊此前已經被他的邪惡力量所腐蝕，無法擊敗宇宙大帝。宇宙大帝此時已經對這種單方面碾壓式的戰鬥感到厭煩，他又變回星球模式，準備將整個塞伯坦連同上面的變形金剛一同吞噬。
擎天柱抓住時機奪回領導模塊，用自身強大的精神力重新淨化了它，並帶著它衝進了宇宙大帝的星球內部，很快，領導模塊光明的能量充斥了宇宙大帝全身，他感受到了無盡的生命力與眾生各式各樣的情緒，宇宙大帝的身體因無法承載這一切終於爆炸了，但是擎天柱也在巨大的爆炸中慘死。
但宇宙大帝的腦袋依然存在，混沌之主的意識依然活著並想要重新獲得身體，一切才
剛剛開始————（英版漫畫《宇宙大帝的遺產》中宇宙大帝控制了垃圾星人企圖復活自己.
最終被補天士用領導模塊再次封印，作為惡靈永恆的糾纏著補天士，美版結局不明。）
漫畫中的IDW版宇宙大帝並非為了毀滅而生的神靈，而是被有機體科學家創造的末日武器，針對塞伯坦人的精準復仇武器，這一點致敬了G1動畫最初對宇宙大帝的設定。
儘管漫畫中塞伯坦一直有作為毀滅之神的宇宙大帝滅世的傳說，但讓宇宙大帝自身實際誕生的卻是塞伯坦人毀滅了別人的世界，這反過來誕生了為毀滅塞伯坦人而生的宇宙大帝。宇宙大帝的原身本是被變形金剛始祖們滅亡的古老行星安蒂拉。
在偽裝成銳天驍的震盪波的陰謀下，塞伯坦發動了對安蒂拉的戰爭，戰爭期間，安蒂拉的一位科學家運用被稱為「幽塔」的末日武器，試圖阻止變形金剛們對自己家園的侵略，結果卻將安蒂拉變成了一顆貨真價實的死星，侵略者和原住民幾乎全部葬身於仿佛其他宇宙里混亂模塊模樣的幽塔的力量之下，安蒂拉則變成了一顆圍繞銀河系中央黑洞運行的沙漠化的死星。
幽塔的力量不僅摧毀了安蒂拉，也擴散至整個宇宙，並摧毀了魔法行星幻宇星，讓安蒂拉上殘存的生命變成了擬態幽鬼，後來震盪波穿越時空成為銳天驍，他企圖利用幽塔實現自己的目的，並利用手下的巨無霸將幽塔送往地球。
到了塞伯坦戰爭結束之後，美國特工科爾頓企圖利用幽塔的力量摧毀變形金剛和塞伯坦，他的計劃沒能完全成功，但將魔法行星幻宇星的遺留與塞伯坦核心結合，使塞伯坦大半的能量儲備轉化成對變形金剛有毒的能量形式（此處致敬黑暗超能量體），和幻宇星的魔法力量結合形成巨大的能量光柱，並使之穿越時空來到安蒂拉星球，與幽塔創造者的靈魂產生共鳴，讓這顆星球恢復了生命，變形為巨大的復仇機器，在這台超級機器吞噬掉它曾經圍繞運轉的銀河系中央大黑洞、使自身完整後，幽塔將這件終極復仇武器命名為宇宙
大帝——塞伯坦神話中的終極邪惡之力、滅絕者，變形的安蒂拉—宇宙大帝在宇宙中穿行，由宇宙大帝的創造者在死後的世界驅動，要讓變形金剛為數百萬年前對宇宙大帝前身的毀滅付出代價。
宇宙大帝一開始只有簡單的智慧，甚至此時它只有簡單的本能。在自身飢餓的本能和創造者的驅使下，宇宙大帝，去吞噬塞伯坦的一個個殖民地。在宇宙大帝創造者的指引下，宇宙大帝以恐怖的力量摧毀了一個個屬於變形金剛的世界，宇宙大帝將變形金剛在宇宙的家園紛紛吞下肚子，並用吞噬來的資源讓自身變得越來越強大。
宇宙大帝用祂屠戮的世界構建自身，宇宙大帝每毀滅一顆星球，被毀滅星球的質量就會讓祂變得越來越大，自身也隨之越來越強。宇宙大帝被變形金剛發現的時候已經有了七個塞伯坦那麼大，而當宇宙大帝到達塞伯坦時，祂更是超過了十五個塞伯坦的大小。
由於宇宙大帝沒有留下任何倖存者，因此直到極速星被宇宙大帝吞噬時，變形金剛才在幽塔的信號中發現了宇宙大帝的存在，意識到宇宙大帝從神話傳說變成了現實，傳說中的死神正橫行於星際。
當這吞噬一切的可怕星球—宇宙大帝出現在埃洛尼亞上空時，當地的變形金剛們最初認為宇宙大帝是震盪波設計的大型滅世星艦或某種武器，他們拒絕了擎天柱撤離的建議並試圖摧毀宇宙大帝拯救自己的家園，但他們對宇宙大帝的反擊未能奏效，反而傷亡慘重，幾乎被宇宙大帝全滅。在宇宙大帝吞噬西涼丸時，擎天柱試圖摧毀它，但汽車人和霸天虎的聯軍被宇宙大帝輕鬆擊敗，雖然擎天柱奮不顧身地闖入了宇宙大帝的大嘴裡，並在宇宙大帝的體內發現了數不清的終極衛兵和城市金剛的屍體，但他最終無功而返，宇宙大帝成功將整個星球吞下肚子，繼續壯大自身。
當擎天柱等人利用太空橋成功逃離宇宙大帝的吞噬並返回塞伯坦時，企圖靠對抗宇宙
大帝來奪取權力的紅蜘蛛發表了對抗宇宙大帝的演說，並召集了散落在外的霸天虎艦隊，組建了用來對抗宇宙大帝的「霸天虎復仇處」，企圖靠摧毀宇宙大帝獲取聲望。
為了對抗宇宙大帝，霸天虎們用數以萬計的滅世星艦、焚星艦、殲星艦構建了針對宇宙大帝的靜止網絡來困住宇宙大帝，試圖藉此摧毀宇宙大帝。
但計劃因為紅蜘蛛太過低估了宇宙大帝的恐怖力量而失敗了，霸天虎艦隊面對宇宙大帝的毀滅性力量毫無抵抗之力，本用來囚禁宇宙大帝的靜止網絡被宇宙大帝輕鬆反控，宇宙大帝利用這個針對自己的網絡反過來攻擊無處可逃的霸天虎軍隊。
在強大到恐怖的宇宙大帝面前，霸天虎們無力反抗，而面對宇宙大帝的恐怖力量，霸天虎艦隊的指揮官一已經瘋狂的雷翼則認定宇宙大帝就是傳說中帶來宇宙終結的混沌使者，投靠了宇宙大帝並阻止了霸天虎軍隊的撤退，最終這支龐大的艦隊被宇宙大帝全滅，他們要麼變成了被宇宙大帝控制的部下，要麼成了宇宙大帝的盤中餐。在這個過程中宇宙大帝吞噬了被震盪波控制的城市金剛暴影號，並將他變形成自己的一顆眼睛（致敬G1中的宇宙大帝試圖復活時的所作所為）。
宇宙大帝因此獲得了變形齒輪，學到了變形的能力（據說漫畫裡的宇宙大帝一開始不會變形，但汽車人漂移的房間裡出現過宇宙大帝的變形形態，很可能宇宙大帝只是在吞噬暴影號之前不能像變形金剛一樣有完美的變形能力）。
宇宙大帝就此吞噬了塞伯坦人除地球之外在宇宙中的全部據點，宇宙大帝的力量因此變得更加強大。隨後宇宙大帝變形成了巨大的機器人形以終結者的毀滅之神形態來到塞伯坦，此時塞伯坦人終於通過幽塔查出了宇宙大帝的真正起源，並意識到宇宙大帝的恐怖力量，猛大帥發現此時宇宙大帝的力量比宇宙中所有變形金剛組合起來還要大至少十六個數量級，紅蜘蛛甚至被嚇得想要拋下一切逃跑。
宇宙大帝以毀滅之神的架勢來到塞伯坦向變形金剛們復仇，宇宙大帝以驚人的力量將塞伯坦撕裂成兩半，同時宇宙大帝用自身胸口的大黑洞吞噬了塞伯坦（這是有關宇宙大帝的平行宇宙設定中為數不多的宇宙大帝成功摧毀了塞伯坦的宇宙），宇宙大帝終於將其創造者的仇恨返還給塞伯坦人。